pues, como dicen en mi tierra... 'solo cortando cojones se aprende a capar' así que prueba, y ya está.
Unas pequeñas observaciones...
a) La herramienta Clonezilla Live te puede ser de gran ayuda para dar 'el paso a atrás'. Si no sabes qué e mírtalo en Google o, por ejemplo, aquí:
http://comoserdebianitaynomorirenelinte ... .html#more
b) normalmente, es mucho más seguro (y más limpio) reinstalar que actualizar (sobre todo cuando tienes aplicaciones instaladas desde repositorios de terceros (los famosos PPA))
c) No obstante, pasar de Mint 18 a Mint 18.1 parece que es una actualización menor, no es lo mismo que pasar, por ejemplo, de la versión 17 a la 18.
d) Las configuraciones se guardan, en general, como archivos ocultos, en tu /home. Si tienes la /home en partición separada (de la root (/)) y, cuando reinstalas, eliges el particionado manual y, en él, al llegas a la partición /home, la defines (tipo: transaccional ext4, punto de montaje: /home) e indicas que NO se formatee, conservarás tus archivos personales, y tus configuraciones. Solo si quieres hacer una instalación 'desde cero', es decir, formateando también la /home, deberás salvaguardar previamente tus archivos personales, y los ocultos con las configuraciones que te interese conservar, en un disco duro, o soporte, externo (o no interviniente en el formateado que vas a hacer)