Tenía que existir, y existe: xournal.
Un lector de PDF's que ofreciera mínimas comodidades para leer pdfs. De ser posible, que permitiera marcar párrafos, como cualquiera de nosotros subraya un libro.
Se los presento con un ejemplo (un libro de Kasparov):

Lo marqué exageradamente, para que se note. Como en casi cualquier aplicación gráfica, Ctrl+Z permite deshacer.
Además, claro, se puede copiar el texto (como en otros lectores).
En resumen: una pequeña maravilla.
Si quieren probarlo:
apt-get install xournal.