Hola compañeros,

voy directamente al problema. Tengo 2 programas que compile en mi maquina y funcionan bien, pero desde su carpeta de cada uno. Así para usarlos siempre tengo que pasar mis datos que quiero analizar a la carpeta donde se encuentra un programa, no se pueden ejecutar en otro lado y, lo que quiero, es que se ejecuten en cualquier directorio que me encuentre. Para ejecutarlos sólo tecleo (solamente dentro de su carpeta):

./cd-hit

, me aparece un menu de opciones los cuales uso para analizar mis datos.

Como le hago?
Ojalá me den una solución.

digamos que ese titulo "muy descriptivo no es", y segun el reglamento, debe serlo...

en cuanto a tu problema, basta con que aniadas al path el directorio donde se encuentran los ejecutables, o bien, que muevas los ejecutables a algun directorio que este en el path (como /usr/bin).

ahora... depende del codigo. no se si este busca en el directorio actual, o en el que esta el programa (lo logico es que sea lo primero, pero... hmm.. si no lo veo, no lo puedo saber. )

Hola como estas, dependiendo de la distribucion que tengas, en ubuntu y en debian existe dh-make, permite compilar y generar paquetes deb, esto facilita la instalación con dpkg y su desinstalación por synaptic, apt-get ,aptitude o dpkg. De esta manera tendfras los binarios disponibles para cualquier usuario y lo puedes lanzar directamente desde la terminal.

Si utilizas otras distros supongo que existen herramientas que te permitan compilar y empaquetar el software que deseas.
saludos