Hola.
Antes de empezar decirte que en linux, no hay virus, bueno, y si los hay no tienen los suficientes permisos para poder hacer algo serio en tu sistema.
Lee este otro hilo y verás de que estoy hablando.:
¿linux seguro?
Sobre la cuenta de hotmail hay que ser un poco precavidos y muy paranoicos.
Para empezar si lees el correo en ciber o similares procura cerrar siempre la sesión y cambiar la contraseña de vez en cuando, incluso la pregunta secreta.
Respecto al software de mensajería, todos llevan conexión SSL, por lo que el envío de la contraseña se hace cifrado. En algunos está activado por defecto y en otros no. En linux no funcionan los exe de windows, por lo que troyanos y virus no pueden ejecutarse.
Por último y lo más sensato, no uses tu cuenta de msn en un sitio de poca confianza....
Saludos