quiero que cada vez que alguien se conecte al puerto 5000 de mi máquina, entonces se ejecute un script.
Cómo se hace?

se me ocurre que podrias instalar/compilar algun sniffer (como snort) y luego correrlo para que loguee todo lo que intente venir por el puerto 5000 a un archivo en particular. Luego un bashcript en el cron que se corra cada 60 segundos que chequee por la existencia de dicho archivo y ejecute lo que se te ocurra, luego de esto copie el archivo de log a otra ubicacion y elimine el original (para usar esto como flag)
Saludos

Netcar viene en tu rescate:

# netcat -l -p 50000 -c ./script.sh

Slds.