La pregunta no es tonta, pero sí elemental. Y ese es el problema con este intercambio de mensajes: estás preguntando por cuestiones muy complejas, pero evidentemente desconociendo lo básico.
Lo que describes es el comportamiento del protocolo tcp/ip. Puedes leer los RFC's correspondientes en su
versión en español. RFC's 791 y 793 (y alguno más que no recuerdo).
Básicamente: si en una transmisión de datos se pierde un paquete, tcp/ip reduce su velocidad a la mitad y comienza a incrementarla de a una unidad. Lo que te ocurre es algo así:
Descargo a 100kb/s.
Pierdo un paquete.
La velocidad baja a 50kb/s.
sube a 51, 52, 53, 54, entonces pierdo un paquete.
la velocidad baja a 27Kb/s.
sube a 28, 29, 30, pierdo un paquete; baja a 15... Cuando la velocidad se acerca a cero, lo más probable es que la conexión se corte.
Este mecanismo, es aprovechado por todos los controles de ancho de banda, reteniendo o descartando paquetes para reducir la velocidad de descarga.
Ahora, si preguntas eso, y estás haciéndote cargo de proveer el servicio a 2000 clientes, lo único que puedo recomendarte es que contrates a un técnico. Y lo digo sin ánimos de ofender. Evidentemente no cuentas con los conocimientos sobre redes para dominar la situación. Tal vez tengas buenos conocimientos sobre administración y negocios, pero en la red hace falta un técnico de redes.
Con respecto a Quagga, supongo que es ocioso sugerirte que busques información sobre routers BGP, y protocolos RIP y OSPF.
En cualquier caso, da la impresión de que esperas como respuesta algo típico de un foro. Una receta del estilo: haz esto y esto, y tendrás otra vez operativo el mouse. Pero ese tipo de respuestas, sirven para un mouse. Para diseñar un router BGP para una red específica, tendría que responderte con un manual o, como lo estoy haciendo, con los temas sobre los cuales debes informarte.