A mi tambein me suena como un problema de permisos, o que alguna aplicacion o dependencia no se esta copiando en la migracion.
Lo mejor es que hagas una imagen de toda tu instalacion y la pases a tu nuevo servidor, utiliza parti image o
algun similar que soporte ext 2, ext3, ext4, reiserfs su fuese el caso etc..
http://www.partimage.org/Main_Page