Si vas a trabajar con matrices, lo primero que deberías hacer es crear una clase "matriz", que será la que uses
Código:
public class Matriz{
private int[][] mat;
public Matriz(int[][] values){
mat = values;
}
public Matriz(){
mat = new int[10][10];
}
public static Matriz readFrom(File f){
//código para leer la matriz del fichero
}
//otras operaciones como suma, resta, etc
}
Esta clase es la que debes utilizar en otras partes del programa, y no los dobles arrays que estás utilizando.
Esta clase la puedes devolver en funciones, en vez de el int que estás devolviendo.
Siendo estrictos, la responsabilidad de crear y/o generar matrices le corresponde a la clase Matriz (salvo que haya alguna razón poderosa para que no sea así); lo mismo pasa con las operaciones de aritméticas sobre matrices. Con esto quiero decir que esas funciones deberían estar dentro de la clase Matriz y no en otro sitio.
PD: Por cuestiones de convención, los nombres de las clase en java empiezan por mayúscula, y los de las funciones y atributos con minúscula. Además, que el método principal (main) lance excepciones queda fatal
PD2: Para postear código, si es pequeño utiliza la etiqueta "code" (según editas el texto del post, en los botones de arriba), y si es largo utiliza servicios como pastebin (
http://pastebin.com/)