Crear archivos de texto conteniendo el nombre d otro archivo

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caoz96
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Registrado: Mié Feb 17, 2010 10:37 pm

Crear archivos de texto conteniendo el nombre d otro archivo

Mensaje por caoz96 » Mié Feb 17, 2010 11:07 pm

Saludos,
es la primera vez que hago una pregunta en un foro de linux,
por favor perdonenme si estoy haciendo algo incorrecto,
pero no se como formular la pregunta exactamente.

La cuestion es esta:

Estoy usando un programa para docking molecular llamado AutoDock Vina 1.0 es un programita muy sencillo, el cual hace el docking a traves de un archivo de texto donde se colocan los parametros o las especificaciones para que realice el calculo de docking, es un archivo asi:

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl01.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30


Donde receptor es un archivo en formato pdbqt de la proteina y ligand es un archivo pdbqt del logando, los demas son el centro y el tamaño de la caja donde va a hacer el docking.

Hasta alli no hay ningun inconveniente, el problema es que hay que hacer esto para cada docking que se quiera realizar.

Mi pregunta es la siguiente:


Sabe alguien como colocar en la parte donde dice LigAlyl01 el nombre de otros archivos, por ejemplo LigAlyl02.pdbqt y que le coloque el nombre a ese archivo LigAlyl02,

la idea es que si tengo esta cantidad de archivos que son los ligands

LigAlyl01
LigAlyl02
LigAlyl03
LigAlyl04
LigAlyl05

me haga los archivos de configuracion

LigAlyl01.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl01.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl02.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl02.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl03.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl03.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl04.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl04.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

LigAlyl05.txt

receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt
ligand = LigAlyl05.pdbqt

center_x = -33.5920
center_y = 31.7570
center_z = 21.4830

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30
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niky45
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Re: Crear archivos de texto conteniendo el nombre d otro archivo

Mensaje por niky45 » Mié Feb 17, 2010 11:29 pm

puedes hacer un pequenio script.... aunque el tema no esta facil. yo haria algo asi:

Código: Seleccionar todo

#!/bin/bash
#en lista, pon  la lista de numeros, o haz un seq:  
#seq [1 - X]           #siendo X el numero fina. revisa la  sintaxis de seq,  no me la se.

for LIG in lista; do
     FILE=`echo"LigAlyl $LIG .txt" |sed 's: ::g' `  ## el sed esta para filtrar los espacios. si no va asi no funciona
     touch $FILE

     echo 'receptor = 1IR3SinSubs.pdbqt' >>  $FILE
     echo "ligand = LigAlyl $LiG .pdbqt" |sed  's: ::g' >> $FILE   
     echo " (lo demas)" >> $FILE

done

:)

pruebalo. es probable que haya errores de sintaxis u otros detales, pero lo que es la idea deberia funcionar.
#446716
>>"Linux: the operating system with a CLUE... Command Line User Environment".
(seen in a posting in comp.software.testing)

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Re: Crear archivos de texto conteniendo el nombre d otro archivo

Mensaje por fpuga » Mié Feb 17, 2010 11:51 pm

prueba lo que te puso niki, si no eres capaz de hacerlo rular avisa y te echamos un cable.

estaría bien que aclararas si el nombre del fichero receptor es siempre el mismo o cambia alguna vez.
Mi blog: [url=http://conocimientoabierto.es]Conocimiento Abierto[/url]
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