Mirá, si bien ya existen varias distros para 64 bits, esto no significa que las aplicaciones lo sean,eso por un lado, por otro lado, creo que cualquier distro podrías adaptarla para que sea compatible con procesadores de 64 bits, el tema es recompilar todo para optimizarla a un procesador de 64 bits.
Basándose en esto, podrías adaptar una Slackware, que dicho sea de paso, es una muy buena distro. Pero claro, llevaría su tiempo y sería una tarea artesanal.
Si tenés ganas de aprender, te aconsejaría Gentoo, que ya tiene una versión disponible para 64 bits, con la ventaja que esto se maneja desde la instalación, pasándoles parámetros al portage (administrador de paquetes de la distro), junto con otras optimizaciones.
Si bien la tarea de instalación requiere de ciertos conocimientos, no es imposible realizarla, ya que cuenta con mucha documentación.
Eso sí, lleva su tiempito instalarla ya que todo el sistema es compilado de acuerdo al grado de optimización que vos hayas configurado, pero puedo asegurarte que el resultado es más que aconsejable.
http://www.gentoo.org/proj/en/base/amd64/technotes.xml
Saludos