Para copiar archivos desde la linea de comando lo puedes hacer así:
Código:
$ cp /ruta/archivo/a/copiar /ruta/destino/final/
Si vas a copiar un directorio completo con subdirectorios entonces:
Código:
$ cp -R /ruta/directorio/ /ruta/destino/final/
Dale una leída al manual de "cp"
Código:
$ man cp
Saludos