Conozco a bastante gente que utiliza linux como sistema base y de entre ellos siempre los mas "antiguos" te recomiendan siempre que no compres libros sobre linux, o que si lo haces compres uno que este bastante completo (aunque casi siempre caro).
La razon es la siguiente. Si compras libros genericos sobre unix/linux jamas quedaran desfasados, exceptuando alguna que otra cosilla. En cuanto al resto de documentacion simpre, o casi siempre, encontraras manuales y tutoriales sobre cualquier aspecto de linux (Software, servidores, trucos, etc..) bastante mas actualizado que un libro editado en papel. El problema de esto es la falta de tiempo para leer toda la informacion que llegas a acumular (yo tengo ya unos 1,5GB de PDFs).

Por otro lado en cuanto a las tiendas que sepan algo de Linux, estas son mas bien pocas. Hace tiempo un dueño de una tienda (extraño, pero usuario de linux) me comento que, como maximo le hacen 4 o 5 preguntas sobre linux cada 6 meses, con lo que si el no supiera de linux, tampoco contrataria a nadie que supiese (cuestion de mercado).
Ademas hay que tener en cuenta que la comunidad linux (como por ejemplo esta), mediante internet u otros contactos, puede resolverte cualquier duda que tengas por lo que, ¿para que recurrir a una tienda?

Como comentario contaros una anecdota que me ocurrio hara 4 años mas o menos.
Fui a la tenda habitual a comprar una tableta digitalizadora Wacom, y por si acaso el tio de la tienda tenia algo de idea le pregunte si sabria como instalar la tableta y que drivers utilizar para poder utilizarla en linux. A lo que el tio, completamente convencido, me contesta: "Por supuesto, debes hacer lo mismo que con Autocad. Metes el cd, instalas los driver de Win98 y cuando abras el 'programa ese' linux te detectara por plug and play la tableta."
Como rebatir esto?? Es imposible. Y lo dijo un "señor" tecnico de una de las tiendas que mas factura en la ciudad.