Sí, es posible usar uno para win, otro para linux y otro para uso compartido. En este último puedes almacenar los datos personales (música, imágenes, textos, juegos, video, que-se-yó) y accesarlos desde windos y desde "leenucks".
Si hablas estrictamente de Discos Duros, y no de particiones, entonces el acceso a datos ubicados en otro Disco Duro será un poco lento, aunque esto solo lo notamos los amargados que nos molestamos por cualquier mínimo detalle en el rendimiento.
Así que si tienes 3 discos duros yo recomiendo lo siguiente:
1 estrictamente para Windos y archivos que utilizes mucho aquí.
1 estrictamente para "Leenucks" y archivos que utilizes mucho aquí.
1 como respaldo.
Si lo que tienes es 1 disco duro y 3 particiones, entonces adelante con 1 partición para el Sistema Windos, 1 para el Sistema "Leenucks" y la otra para datos compartidos.
Sobre la versión de "linux", más que eso, te recomiendo que busques los siguientes términos:
"Distribución", "GNU", "Linux" y "Software Libre".
Y aquí un clásico test para elegir tu distribución que más se te acomode:
http://www.zegeniestudios.net/ldc/