Buenas, acabo de instalar Debian 9 con el home en otra partición donde de una instalación anterior tenía mas usuarios, resulta que en la pantalla de logeo solo me sale el usuario nuevo, le doy iniciar con otro usuario y no me reconoce su contraseña, habiendo hecho pruebas con usuarios nuevos nada, no hay manera. Alguna idea?

digo yo que si has instalado de nuevo, y con un nombre de usuario, tendrás que entrar con ese nombre y, antes de nada, como root, crear los nuevos usuarios a cuyos archivos te interesa acceder.
Mira a ver si te vale algo de esto:
https://comoserdebianitaynomorirenelint ... uario.html