Cada que introdusco mi usb Kingston de 16 GB a un computador con linux (me a pasado con ubuntu, xubuntu y redhat) me cambia los permisos de los archivos y no me los abre ni me los deja borrar o modificar, esto no me a sucedido con windows, pero luego al introducirla usb en windows no puedo modificar ni borrar los archivos, si no es que se desconfiguoraron las carpetas y no me abre algo coerente.

nos podrias indicar que formato tiene el USB (FAT32 o ntfs) y que version de kernel y drivers estas utilizando en linux

aparte, ese pendrive has mirado de hacerle un format, no sea que la tabla de particion este mal? y cuando lo desconectas lo desmontas antes de desconectarlo??

lo de que no te deja modificar los archivos en linux puede que sea por el formato de tu usb...si es fat seria cosa de que le cambiaras los permisos a tu usb si es ntfs puede que te haga falta instalar ntfs-3g.
En cuanto a que en windows no te deja tampoco modificar los archivos es raro y me uniria a la recomendacion de spa_hyperion de que puede que sea un error de la tabla de particiones.