Hola, veréis el problema es el siguiente. Ubuntu me reconoce el pendrive, pasa los archivos muy rápidamente, pero a la mañana siguiente lo meto en un reproductor cualquiera y me da error el archivo cosa que a la noche anterior no me daba. ¿Tengo algo mal configurado en linux?

puedes tener algo mal configurado en linux... o puede que no lo tengas.
O puede que tengas mal el pendrive... o puede que funcione perfectamente en otros ordenadores.
O puede que no sepas extraerlo en modo seguro.
O puede que ese reproductor que dices no acepte esos formatos
O, por lo que dices, hasta puede que sea un duende que te estropea el pendrive durante la noche.

me temo que solo tu podrás averiguarlo.

Es que e copiado un archivo lo borro lo vuelvo a copiar y se ve perfectamente, no entiendo que me esta pasando, debe de ser un duende si jeje