Abres Nautilus, Editar-> preferencias ->pestaña de vista.
Ahí tienes todas las opciones para modificar el comportamiento de los iconos.
Si te refieres a cambiar el tamaño de la parrilla (grid) del escritorio puedes ir a:
http://brainstorm.ubuntu.com/idea/3272/y colaborar con tus ideas al respecto, en Ubuntu Brainstorm.
Saludos