Que tal, el problema específicamente se da cuando uso aplicaciones que usan librerías QT como por ejemplo VLC. Tengo un puntero del mouse blanco, pero al pasarlo por sobre VLC cambia su forma al puntero que venía por defecto cuando instalé la distribucion, uno de color negro, al pasar salir del programa o pasar el mouse por un sector que no sea la interfaz de vlc vuelve a ser blanco, y así sucesivamente.
Traté de ver con el programa qtconfig si se podía solucionar, pero no vi nada que pudiese resolverlo.

Editado -- Vie May 14, 2010 9:42 am --

Al parecer he solucionado el problema, así que comparto la solución con el foro:

1.- Descomprimir el tema del pruntero que vamos a dejar por defecto (alguno que descarguemos de Gnome-look por ejemplo el tema Obsidian), y copiar la carpeta descomprimida a /usr/share/icons

2.- Como super usuario modificar con un editor de textos el archivo /usr/share/icons/default/index.theme, por ejemplo con Nano sería:

nano /usr/share/icons/default/index.theme

allí modificamos la linea:

Inherits=Eclipse (Este es el nombre del puntero que viene por default)

Y la cambiamos por el nombre del puntero (mas bien dicho del nombre de la carpeta en que se encuentra el tema del puntero, la que descomprimí y copié en el punto 1 ) que deseemos que sea el predeterminado, por ejemplo yo quería dejar por defecto el tema de cursor Obsidian, entonces la línea quedó así:

Inherits=Obsidian

Guardamos los cambios y salimos del editor de texto.

3.- Cambiar el puntero de manera normal en el menú Apariencia de Gnome

Reiniciar o cerrar sesión y listo, problema solucionado, espero que sea de ayuda a quien tenga el mismo problema