Cuando instalamos un windows se nos borra la flag de inicio de nuestra partición Linux, se agrega el arranque del windows al MRB del disco y como consecuencia solo nos sube el windows.

Se puede recuperar el inicio del Linux en pocos pasos.

Suponiendo que la partición Linux es /dev/hda1 y la del windows es /dev/hda3, pero lo mejor es abrir el gparted, esta en el menú  /Sistema/Administración/Editor de particiones Gnome. En el identifica la partición donde tienes el Linux instalado y agregale el Flag "boot" en caso de que no lo tenga, para que todo pueda funsionar.

1- Iniciamos con un LiveCD

2- Creamos la carpeta /mnt/hda1: 

#mkdir /mnt/hda1

3- Montamos la partición Linux en la carpeta:

#mount /dev/hda1 /mnt/hda1

4- Reinstalamos el grub:

#grub-install --root-directory=/mnt/hda1 /dev/hda

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Gurb-install nos instala el grub.
--root-directory la partición que tiene los archivos de inicio.
/dev/hda es el MRB del HDD.

Ya solo queda editar el /boot/grub/menu.lst, para agregar el inicio del windows:

title Windows Vista / XP uE
root (hd0,0)
savedefault
makeactive
chainloader +1