primero, teniendo las 2 tablas ya creadas, es necesario comprobar los parametros exactos del campo que sirve de llave primaria en la tabla que queremos referenciar (tablaref), esto se ve con

SHOW CREATE TABLE tablaref;

Hecho esto suponiendo q la primaria es idTablaref int(10) unsigned, añadimos un campo exactamente igual en la otra tabla (tabla)

ALTER TABLE tabla ADD COLUMN idTablaref int(10) unsigned

añadimos un indice

ALTER TABLE tabla ADD KEY tabla_FKIndex (idTablaref)

ahora creamos la referencias

ALTER TABLE tabla ADD CONSTRAINT tabla_ibfk FOREIGN KEY (idTablaref) REFERENCES tablaref (idTablaref)

listo ;)