Leyendo varias cosas en google, recomendaban usar la herramienta GBAK de firebird para los backups, pero siempre indicaban usar el parametro -T (transportable) pero tal parece que esto solo es util para hacer backups entre versiones distintas del firebird.

Para hacer un backup, el comando es

/opt/firebird/bin/gbak -B basededatos archivo -USER usuario -PAS contraseña

Esto es, suponiendo que el firebird esta instalado en /opt y que la base de datos ya fue añadida al alias (esto lo explicaré a continuación)

Para restaurar un backup, el comando es

/opt/firebird/bin/gbak -C archivo basededatos.fdb -USER usuario -PAS contraseña

El archivo con la base de datos basededatos.fdb será creado en la carpeta que nos encontremos al momento de ejecutar el comando. Luego añadimos el alias de la base de datos en /opt/firebird/aliases.conf

Colocar el siguiente texto al final del archivo:

basededatos = /opt/firebird/data/basededatos.fdb

Esto será suponiendo que basededatos.fdb está en la carpeta data del firebird, de este modo podremos conectarnos a la base de datos especificando unicamente el nombre 'basededatos' y no la ruta completa (/opt/firebird/.. etc.)