Distribuciones que yo sepa que pueden usar aceleracion de graficos 3D son:

Suse

XGL y Compiz
Como instalar Beryl en Suse

Fedora

Instalacion de AIGLX
Instalacion de Beryl

Mandriva

Este no tienes que hacer nada, solo ir al panel de administracion y activar la opcion de aceleracion grafica, XGL o AIGLX

Slackware

XGL y Compiz
AIGLX y Beryl

Ubuntu

XGL y Compiz
Beryl

Zenwalk

Se que se puede hacer efectos de XGL, pero no se como. Como Zenwalk es una derivada de Slackware pdorias probar los tutoriales de slackware, pero podria ser arriesgado.

Notas:

Antes te quiero aclarar que para hacer aceleracion grafica 3D se necesita un servidor grafico adecuado, asta ahora que yo sepa existen dos: XGL (Desarrollado por Novell y la comunidad de OpenSuse) y AIGLX (Desarrollado por Red Hat Inc. y la comunidad de Fedora) no te podria decir cual es el mejor por que no he probado ninguno

Ahora para hacer los efectos 3D existen dos programas: Compiz y Beryl, Compiz ya paso de moda ahora se usa Beryl, luego busco los tutoriales que falten para ponerlos y actualizarlos a Beryl.

Para tarjetas nVidia es preferible usar XGL y para tarjetas Ati AIGLX.